Слово Керн образовалось из упавших скал у моря Скай.  Cairn — Скопления камней, под которыми прятались мелкие животные,  и дали название породе.

Терьеров разводили, чтобы преследовать подземных норных животных — крыс, мышей, кротов , лис и барсуков.

История керн терьеров ведет свое происхождения с острова Скай, который расположен к западу от Шотландского нагорья. В первые годы керна называли короткошерстным скай терьером.

Разводил на острове обе эти породы капитан Мартин Мак Леод из Драйнока.

В дополнение к линии Мак Леода, который предпочитал собак серебристо- серого цвета, другие линии кернов были выедены Mac Donalds и Mac Kinnons   с кремовыми , рыжими и тигровыми собаками.

Клуб керн терьеров был основан в 1910 году, а в 1911  был принят первый стандарт породы.. 29 мая 1912 года Керн Терьер наконец получил свой официальный статус , как порода и начал принимать участие во всех выставках.

В Россию первый керн терьер был привезен из Швейцарии в 1994 году .Любители породы организовали клуб породы, который начал принимать участие в выставках.